31 Rafale M ont été livrés par Dassault Avation. Neuf appareils au standard F1 (air-air) sont actuellement sous cocon, à Landivisiau, en attente de rétrofit. Un dixième F1 (le M1, en fait) est utilisé par Dassault Aviation pour des évolutions de configuration. 19 appareils, essentiellement des F2, sont donc potentiellement en service au sein de la 12F, dont les effectifs et le parc sont appelés à se scinder avec la montée en puissance de la 11F, qui devra bientôt laisser ses SEM.
Les Rafale Marine ont été déployés en Afghanistan dès 2001, pour la défense aérienne du PACDG. Puis, en 2004, ils ont été qualifiés au ravitaillement en vol, permettant d'allonger les pattes des SEM. Ces nounous emportaient une nacelle Douglas, la même que celle déployée par les SEM.
En 2007, l'arrivée du standard F2 air-sol et du crash program Echo permet à l'appareil de tirer des GBU-12. En 2008, l'AASM est enfin qualifié, mais le porte-avions voit son service interrompu par l'IPER.
Les Marins disposent de l'expérience la plus ancienne de l'appareil. Ils ont acceuilli dans leurs rangs des pilotes de l'armée de l'Air (après que cette dernière a elle aussi reçu des pilotes de "Crouze" sur Mirage 2000 C et D).
Le standard F3 intègre de nouvelles capacités sur l'avion, avec l'emport de la nacelle de reconnaissance numérique Reco-NG (TOSA), doté d'une liaison de données permettant de transmettre la production en vol, gage d'une "fraîcheur" du renseignement.
Il intéresse spécifiquement les marins pour sa capacité à tirer l'Excocet de dernière génération (MBDA).
Il dispose également du pod de ciblage Damoclès (TOSA).
Enfin, il embarque l'arme nucléaire, l'ASMP-A (MBDA), qui sera mis en service sur Mirage 2000N la semaine prochaine, mais sur Rafale que l'an prochain.
Une fois que le Rafale disposera de toutes ces nouvelles briques, il deviendra possible de s'affranchir des SEM, sur le pont depuis plus de trente ans. Seuls subsisteront les derniers SEM S5 (nacelle Damoclès) au sien de la 17F.
60 Rafale M doivent théoriquement être livrés à la Marine. Deux ont été perdus, hier. L'appareil qui était sorti de piste en 2008 a repris les vols.