La BFST est actuellement déployée en Afghanistan avec une vingtaine de commandos du 1er RPIMa (formation des forces spéciales afghanes et un peu plus de navigants du DAOS (opérant sur deux Caracal de l’armée de l’Air), ainsi que dans plusieurs pays africains, notamment et vraisemblablement au Tchad.
Ce sont ses commandos, avec les hélicos du DAOS et de l'ESH, ainsi qu'un Transall du Poitou qui avaient évacué des diplomates étrangers (allemands et américains) dans ce même pays, en février 2008. Un commando avait d'ailleurs été blessé, à l'époque, et un autre (Sgt Polin) avait été tué, quelques semaines après, dans la zone des trois frontières.