Qualifié dès la création du commandement des opérations spéciales, en 1992, pour faire partie des
unités du premier cercle, le Commando Hubert, dont deux membres ont été tués cette nuit au Burkina Faso fait figure d'élite de l'élite. Ses membres sont issus des commandos marine, déjà triés sur le volet, et doivent réussir le très sélectif stage de nageur de combat. Les hommes de Saint-Mandrier sont multi-milieux : ils peuvent dériver sous voile, s'infiltrer sous la surface en palmant ou avec un propulseur sous-marin (ils terminent l'évaluation du PSM3G), ou encore surfer sur les flots à 50 kts.
Créé en 1947, l'unité n'a pas pris immédiatement sa compétence sous-marine, dont elle assure aujourd'hui le monopole, au sein du COS. On l'a trouvé aussi bien dans les guerres de décolonisation, que dans la plupart des opérations du COS. Il a aussi, ponctuellement, assuré la protection du général de Gaulle. Son bilan est édifiant.
L'unité est très resserrée, une centaine d'hommes soutien compris, donc, de fait, sa composante opérationnelle est plus réduite que dans les autres Commandos Lorientais. L'unité a déjà fourni des cadres de haut niveau, dont l'actuel GCOS -le vice-amiral Laurent Isnard- et l'ancien Alfusco, le contre-amiral Pierre Rebour.
Depuis les années 80, le Commando Hubert et le GIGN ont été associés dans le plan Piratmer, le contre-terrorisme maritime français.
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